З серпня 2000 р. по 2006 рік ППФ приймала участь в партнерському проекті “Подільська сервісна мережа для біженців” за фінансової підтримки УВКБ ООН, створивши консультаційний пункт у м. Хмельницькому. Протягом цього періоду юридичними послугами скористалося більше 300 осіб із числа біженців та шукачів притулку. Їм були надані безкоштовні юридичні консультації, інша практична правова допомога.

У вересні 2002 року ППФ стала учасником проекту "Соціальне партнерство" у партнерстві з 14 НУО Хмельницької області.

В 2002-2003 р. р. фахівці ГО прийняли безпосередню участь в розробці проекту „Положення про Хмельницький міський конкурс соціальних проектів та програм неприбуткових організацій”, яке було прийняте сесією Хмельницької міської ради в травні 2003 року.

В квітень 2003 - березень 2004 роках Подільська Правозахисна Фундація виконувала проект „Моніторинг порушень прав людини і свободи преси в Хмельницькій області” за фінансової підтримки Посольства США в Україні.

В період з квітня 2004 по січень 2005 роки ППФ виконала проект «Моніторинг та повідомлення про порушення виборчих прав та виборчого процесу в ході виборів Президента України на території Хмельницької області» за фінансової підтримки Посольства США в Україні.

В травні 2007 року організація стала переможцем конкурсу “ Сприяння активній участі громадян у протидії корупції в Україні ”, який започатковано в грудні 2006 року за підтримки Агентства США з міжнародного розвитку (USAID). Починаючи з червня протягом 6 місяців Подільська правозахисна фундація виконує свій проект «Моніторинг проявів корупції у справах, що розглядаються у порядку адміністративного судочинства».